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經相關單位推薦或自行申請之農企業，將安排電訪或是現地查訪，評估申請單位之輔導需求是否符合本計畫目標，及經由執行單位確認申請文件符合資格與整理申請案件順序後，由農業部與執行單位進行初審選出下一階段入選名單，透過召開審查會，邀請產官學代表擔任委員選出年度受輔導單位。從申請到審查時間因當年度申請案件數而有所調整，所需時間約2~3個月，每年於上半年完成相關審查作業。
由於政府相關計畫所需佐證資料較為嚴謹，為確保貴公司符合輔導申請資格，需備齊三份文件(1.廠商輔導基本資料表; 2.公司登記、商業登記或合作社相關登記文件;3.蒐集個人資料告知事項暨個人資料提供同意書)，而相關重要文件請加蓋章以資證明。
基本上當年度所公告之輔導類型依據每年的計劃資源與時事，及各方相關意見進行調整，請以該年度之申請須知為主，本年度類別分為科技農業潛力外銷體系整備輔導、微型農企業輔導與科技農業外銷產銷整合聯盟輔導，農業部與執行單位皆仍保有當年度輔導類型調整之權利。
凡是具科技能量之農民團體及農業產業團體，且符合下述兩項條件之業者皆具備科技農企申請資格：
1.基本條件: 非屬銀行拒絕往來戶，如屬依法在中華民國境內辦理登記之公司，其淨值（股東權益）須為正值。
2.經營型態: 可分為三種類型，包含:科技農企業、具科技能量之農民團體及具科技能量之農業產業團體。