一、 公開表揚
進入科技農企業菁創獎決選之業者得獲公開表揚；決選獲獎者另頒發獎座乙座，其餘入選頒發獎狀乙只。

二、 宣傳獎勵
為彰顯獲選業者殊榮並引發標竿學習效益，特針對進入決選及獲獎業者進行媒體宣傳及獎勵補助，項目如下：
（一） 科技農企業菁創獎專刊報導。
（二） 參與103年度農委會「科技農企業國外觀摩參訪團」資格，並補助每單位團費新臺幣20,000元整。
（三） 頒獎典禮公開表揚與現場展示攤位
（四） 協助申請農委會產學合作、企業技術商品化、業界科專及經營管理輔導等相關補助或輔導計畫資源。